11月17日，壹定发生物团结北京果壳生物科技有限公司开展的转录组测序平台检测性能秠uan妊芯啃Ч谙呓蚁于《BMC Genomics》。gai研究使用多款商业化RNA文库制备试剂盒基于3个模式物种（人、小鼠、大豆）构建了16个RNA文库，每个文库划分使用GenoLab M和NovaSeq 6000测序平台举行检测，研究效果批注GenoLab M对多款商业化RNA文库制备试剂盒具有优异的兼容性，在测序数据基因组比对率、基因检出数目、基因表达定量、可变剪切检测等指标上与NovaSeq 6000拥有较高的一致性。

以下为文章解读：

01研究战略

样本：人肝脏星状细胞、小鼠睾丸组织、大豆毛状根。

构建mRNA文库：接纳4种商业化RNA文库制备试剂盒构建10个mRNA文库。

构建LncRNA文库：接纳3种去rRNA试剂盒、3种商业化RNA文库制备试剂盒构建6个lncRNA文库。

样本检测：每个文库划分使用GenoLab M（PE100）和NovaSeq 6000（PE150）举行检测，数据量要求>5Gb clean data/样本。

剖析内容：评估两平台测序数据的测序质量、转录本笼罩、基因表达、可变剪切事务等体现。

表1 样本和建库试剂盒信息汇总

02基础数据剖析

GenoLab M测序数据基因组比对率平均为91.80%，与NovaSeq 6000持平。在基因组唯一比对率（Unique?mapped?rate）上，gai指标受本ci两平台检测读长差异的影响，NovaSeq 6000略高于GenoLab?M（图2）。两个测序平台在基因笼罩随机性（图3）、基因表达密度漫衍上有较高的一致性（图4）。

图2 测序数据唯一比对率统计

图3 基因笼罩随机衴uan硐

图4 基因表达密度漫衍

03基因检出、基因定量

对GenoLab?M和NovaSeq?6000测序数据的基因检出和定量效果举行剖析，两平台的mRNA测序数据拥有较高的共有基因比例和基因表达定量相关性（图5A、图6ABC）。但由于LncRNA剖析软件StringTie对新LncRNA展望有读长偏好性，受本ci检测两平台读长差异的影响，LncRNA测序数据的共有基因比例和基因定量相关性较低。

图5 小鼠基因检测效果较量

图6 两个平台基因定量效果相关性剖析

04可变剪切检测

对GenoLab M和NovaSeq 6000测序数据的可变剪切事务举行剖析，两平台在可变剪切数目和种类上均无显著性差异（图7）。

图7 两个平台可变剪切效果较量

转录组测序手艺可以展现机体差异生命阶段、差异组织类型、差异心理状态下的基因表达qing况。现在，gai手艺已经普遍的应用在了疾病研究、药物开发、分子育种等领域。本ci研究批注GenoLab M对多款商业化RNA文库制备试剂盒具有优异的兼容性，能高效准确的开展转录组测序研究。

关于GenoLab M

文章：

Y Liu, R Han, L Zhou, M Luo, L Zeng, X Zhao, Y Ma, Z Zhou, L Sun. Comparative performance of?the?GenoLab M and NovaSeq 6000 sequencing platforms for?transcriptome and LncRNA analysis. BMC Genomics,?22:?829?(2021)?