今天壹定发与农业液相芯片开创者博瑞迪生物相助，团结宣布GenoLab M基因测序仪在分子育种领域的测试数据。

本ci测试基于博瑞迪GenoBaits? Maize 1K Panel完成了94个玉米自交系样本的文库制备，使用GenoLab M和DNBSEQ-T7测序平台举行测序，并对数据举行了周全的剖析秠uan仁虑椤

测试效果显示GenoLab M 数据质量高，数据有用率、产出均一性与目的区段笼罩均一性好，基因分型效果与秠uan绕教ㄒ恢滦云骄档酱锪99.92%。

01

测序产物先容：GenoBaits? Maize 1K Panel

GenoBaits? Maize 1K Panel是博瑞迪团结中国农业科学院作物科学研究所徐云碧团队配合开发的玉米1K液相芯片。gai芯片位点筛选自全球1218份玉米质料构建的HapMap3数据库（83M SNP位点），并基于博瑞迪自主研发的GenoBaits? 手艺举行开发，使用647份主干自交系秠uan昙蔷傩猩秆　⒂呕钪招纬闪税1354个焦点SNP位点（4589个SNP标志）的玉米1K液相捕捉芯片。

图1 GenoBaits? Maize 1K Panel焦点SNP位点染色体漫衍图

（标尺释义：在基因组上每个滑动窗口（λ =400Kb）内SNP的个数。）

图2 GenoBaits? Maize 1K Panel焦点SNP位点MAF（Minor allele frequency）漫衍图

02

测试方案先容

测试用样本：94个玉米自交系

测试用Panel：GenoBaits? Maize 1K Panel（焦点SNP位点1354个）

测试用平台：GenoLab M（FCM PE150）、DNBSEQ-T7（PE150）

测试实验：博瑞迪团队基于GenoBaits? Maize 1K Panel对94个玉米自交系举行文库构建，构建好的文库（下文使用“玉米文库”）划分在GenoLab M（壹定发生物团队完成）、DNBSEQ-T7测序平台上机测序

数据量要求：≥0.1Gb raw data/样本

数据剖析：博瑞迪团队完成

表1 测试方案

03

秠uan炔馐孕Ч

测序数据质量高且数据产出均一性好

如图3所示，GenoLab M（GM）下机数据完成拆分后样本数据产出均一衴uan硐钟乓欤94份测序数据中，大于89.36%到达样本平均数据量的90%以上。GenoLab M（GM）和DNBSEQ-T7（T7）的clean/raw reads比率平均值均大于99%，clean data >Q20>95%，>Q30>85%。

图3 GM和T7平台94份样本数据产出均一衴uan硐

（注：数据产出均一性=现实产出数据/平均产出数据量）

图4 GM和T7平台94份样本数据clean data质量值体现

基因组目的区段笼罩均一性好、数据有用率高

将样本测序数据比对到参考基因组（B73），GenoLab M测序数据平均基因组比对率为89.49%、平均目的区域捕捉效率为71.45%。GenoLab M（mean depth 144X）与DNBSEQ-T7（mean depth 255X）在目的区段笼罩均一性上体现基本一致，所有样本测序数据的uniformity_rate50均大于90%。

图5?GM和T7平台94份样本数据基因组比对率和目的区域捕捉效率体现

图6 GM和T7平台94份样本数据目的区段笼罩均一衴uan硐

（注：目的区段：每个目的区段拥有≥1个SNP位点，目的区段数=焦点SNP位点数。笼罩均一性:目的区段笼罩深度/总目的区段平均笼罩深度。uniformity_rate10/20/50指笼罩均一性大于10%/20%/50%区段数的占比）

焦点SNP位点基因分型效果一致性高

94份玉米自交系样本笼罩了GenoBaits?Maize 1K Panel 1354个焦点SNP位点中的1222个，GenoLab M和DNBSEQ-T7测序数据平均支持了99.51%的SNP位点检出，且两个平台基因分型一致性到达了99.67%以上（最小值：99.67%、平均值：99.92%、最大值：100.00%）。

图7 GM和T7平台测序数据焦点SNP位点检出体现

综合上述测试效果，基于GenoBaits? Maize 1K Panel构建的文库在GenoLab M和DNBSEQ-T7上举行测序，秠uan绕饰隽狡教ㄊ荩珿enoLab M 体现优异，与DNBSEQ-T7基因分型效果一致性高。

壹定发生物和博瑞迪生物在未来将开展进一步的深度相助，双方将施展各自在生物手艺领域的优势，配合推进高通量测序手艺在分子育种领域的应用，助力中国分子育种的工业化生长。