克日,壹定发生物和达普生物强强相助,团结宣布GenoLab M基因测序仪检测临床肿瘤单细胞转录组样本的评测数据。
本ci测评基于达普Galaxy星海单细胞测序建库系统完成两类临床肿瘤单细胞的转录组文库制备,制备好的文库由达普生物划分在GenoLab M和NovaSeq 6000上举行测序,测序数据剖析批注,GenoLab M 体现优异,与秠uan绕教觳獬龅牡ハ赴鸘MI水平、细胞聚类、同基因表达量效果高度一致。
01 实验方案
1. 测试用样本:两种差异肿瘤组织制备而成的单细胞悬浊液;
2. 单细胞建库系统:文库制备试剂:星海单细胞 3' 转录组测序建库试剂盒(Galaxy Single Cell 3' mRNA Kit v1.0);文库制备平台:星海单细胞建库系统(Galaxy Single Cell ?Analysis System);
3. 测试平台:GenoLab M、NovaSeq 6000;
4. 测试实验:使用达普生物星海单细胞建库系统与3' 转录组测序建库试剂盒对两种差异肿瘤组织解离后获得单细胞悬浊液举行单细胞转录组测序文库制备(下文简称S1、S2)。构建好的文库划分在GenoLab M、NovaSeq 6000测序平台上举行测序。
02 测试效果
GenoLab M 测试效果与秠uan绕教ㄒ恢滦愿
对GenoLab M和NovaSeq 6000测序数据举行剖析,S1和S2样本在两平台检测细胞UMI水平、细胞聚类、同基因的表达量等效果高度一致(图1~3)。
图1 细胞UMI剖析效果
(左:S1;右:S2)
●Single-cell clustering 秠uan
?S1:
?S2:
图2 细胞聚类剖析
●Barcode assignment 秠uan
? ? S1:
? ? S2:
图3 统一cell barcode 的 UMI及基因数秠uan绕饰龅谋泶锪
03 产物先容
达普Galaxy星海单细胞建库系统
1)性能优:可一ci性完成数百至数万个细胞的疏散,基因检测迅速度高;
2)上样活:1-4 通道,可无邪选择样本数及细胞数目,利便快捷;
3)兼容好:文库兼容 GenoLab M 和 NovaSeq 6000?等测序平台;
4)剖析全:自主开发的StarScope 生信剖析软件可完身剖析陈诉的输出;
5)流程活:可接驳下游流程?,如单液滴分选。
04 总结
基于达普Galaxy星海单细胞建库系统构建两类肿瘤单细胞转录组文库在GenoLab M举行测序,数据剖析效果批注细胞UMI水平、细胞聚类、同基因的表达量与秠uan绕教ㄒ恢滦愿撸芄患训刂憧蒲幸约傲俅捕杂诘ハ赴庑蛐枨蟆
GenoLab M基因测序平台与达普Galaxy星海单细胞建库系统均为全流程自主研发的国产化平台,使用双方平台无邪上样、高性价比等优势,能大大缩短单细胞测序周期,周全提高效率并降低测序成本,为临床应用提供从单细胞到数据效果的全流程解决方案。同时助力单细胞多组学科研普及化和转化单细胞多组学研究在临床中的应用。在未来,双方将进一步深化相助,解决单细胞测序在临床与医学转化中的“卡脖子”手艺,为科研用户及临床事情者提供高质量、高性价比的单细胞测序全流程解决方案。