第六届中国国际入口展览会上，罗氏诊断携手七家海内领先的NGS领域相助同伴签约共建NGS精准医疗生态圈，充拭魅整合各方优势和资源，配合探索和开发基于本土化需求的“样本进，效果出”（Sample In Result Out, SIRO）全流程自动化NGS检测方案。罗氏诊断的SIRO致力于提供NGS样本制备的完整解决方案，搭配高效稳固的文库构建和捕捉产物（包罗HyperCap探针和HyperPETE引物延伸富集产物），基于罗氏诊断全自动建库系统完成湿实验流程，支持多个测序平台开展差异检测应用，助力新一代测序手艺（NGS）在实验室落地。此ci，罗氏诊断推出了基于壹定发生物测序平台的整体解决方案。

壹定发生物现在已推出GenoCare 1600 系列单分子基因测序仪和GenoLab M 系列、FASTASeq 300系列、SURFSeq 5000系列高通量基因测序仪，形成了知足从科研惠临床需求的低中高通量测序产物阵列，实现对应用chang景的周全笼罩。测序仪是基因测序关jian的一环，直接读出碱基序列信息，为下游的剖析解读提供原shi信息。今天壹定发一起来看看，围绕SIRO方案的精准医疗生态圈建设，壹定发生物测序仪与罗氏相遇，将碰撞出什么样的火花？

基于液相杂交的SIRO方案

1.罗氏KAPA HyperExome V2外显子SIRO方案

罗氏诊断全新升级的外显子KAPA HyperExome V2在43.2Mb的紧凑捕捉区域内，提供对新版本的ACMGv3.1、RefSeq、CCDS、ClinVar、Ensembl和COSMIC基因组数据库的优异笼罩率，适用于医学相关应用。凭jie凌驾15年的探针设计履历，和通过使用T2T(端粒至端粒)基因组版本举行设计优化，HyperExome V2解决了GRCh38基因组版本中潜在的问题区域。HyperCap事情流程精简了建库捕捉的流程，同时高度自动化友好，提供高质量的QC体现，纵然在极端GC%比例的区域，也能获得一致的笼罩率。罗氏诊断首先评估了HyperExome V2在壹定发生物测序平台上的体现。整体来看，壹定发测序仪数据质量高且稳固，捕捉相关的评估指标到达主流水平。其中GenoLab M测序仪的数据冗余度有较显着的降低，可以提高数据使用率；重复两轮上机的效果重现性佳。SURFSeq 5000测序仪作为新机型，在均一性和测序偏好衴uan硐种懈ひ怀铩

实验设计：以200ng gDNA作为投入，使用KAPA HyperPlus Kit举行建库，HyperExome V2探针举行捕捉，建库和捕捉的全流程均在罗氏自动化建库仪Avenio Edge System上完成。杂交终文库，划分在GenoLab M 系列（重复两轮上机）、SURFSeq 5000系列高通量基因测序仪和NovaSeq 6000上举行测序。剖析参照罗氏白皮书——“SPR -White Paper- KAPA TE data evaluation for germline mutations”。

2.罗氏体细胞变异SIRO方案

KAPA HyperCap Oncology panel可用于快速评估体细胞变异检测性能，靶向214Kb区域，笼罩商业化尺度品中最常见的基因，涵盖体细胞肿瘤学研究相关的13个基因的完整编码序列（ATM、BRCA1、BRCA2、BRIP1、CHEK2、EGFR、ERBB2、KRAS、MET、MYCN、RAD51C、RAD51D、TP53）以及69个相关基因的热门突变。罗氏诊断评估了KAPA HyperCap Oncology panel在壹定发生物FASTASeq 300测序仪上的体现。下机测序数据质量高，Raw data Q30>95%；捕捉效率、均一性和数据冗余度的体现佳，fold 80 base penalty可以控制在1.4以内。将数据截取到0.3G时（FASTASeq 300单ci上机可完成约24个样本测试），去重后的有用笼罩深度到达400X，FFPE尺度品中的突变位点均能稳固检出。

实验设计：以50ng 尺度品Horizon FFPE-HD300作为投入，使用KAPA EvoPlus Kit举行建库， HyperCap Oncology panel举行杂交。杂交终文库，在FASTASeq 300系列高通量基因测序仪和NovaSeq 6000上举行测序。剖析参照罗氏白皮书——“SPR -White Paper- KAPA TE data evaluation for somatic mutations”。

基于引物延伸法的快速测序方案

1.肿瘤cfDNA样本体细胞变异检测——引物延伸法

KAPA HyperPETE接纳创新的引物延伸靶向富集手艺（Primer Extension Target Enrichment，PETE），3小时完成快速高质量富集，专为较小目的区域（DNA<250Kb，RNA<50Kb）的靶向富集而设计，可以检测多种突变类型：SNV、Indel、fusion(包罗未知融合)、CNV和MSI。KAPA HyperPETE Pan Cancer Panel包罗86个癌症相关基因和190个MSI位点，支持FFPE和cfDNA的体细胞变异检测应用。罗氏诊断选用HyperPETE Pan Cancer Panel举行实验，评估壹定发生物FASTASeq 300测序仪在肿瘤低频突变位点的检测性能。测试效果显示下机测序数据质量高，Raw data Q30>95%；捕捉效率、均一衴uan硐旨眩琭old 80 base penalty小于1.4。原shi下机数据约30G，0.1%的突变位点均可检出，当截取数据至16.5G时（FASTASeq 300单ci上机可完成约5个样本测试），1%的突变可稳固检出，数个0.1%位点因支持reads少而无法稳固检出。测序仪的台间差小，数据一致，体现稳固。

实验设计：以50ng cfDNA尺度品Horizon-HD780作为投入，使用KAPA HyperPrep Kit举行建库，HyperPETE Pancancer panel举行杂交。杂交终文库，在NovaSeq 6000和两台FASTASeq 300系列高通量基因测序仪上举行平行测序。剖析参照罗氏白皮书——“SPR -White Paper- KAPA TE data evaluation for somatic mutations”。

2.融合基因检测——引物延申法

作为驱动癌症发生的shi因之一，融合基因/剪切变异的检出深受重视。KAPA HyperPETE Lung Cancer Fusion Panel针对17个肺癌融合基因（ALK、AXL、BRAF、EGFR、FGFR1、FGFR2、FGFR3、MET、NRG1、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGFRA、PDGFRB、PPARG、RET、ROS1）设计，对RNA文库举行快速富集。罗氏诊断使用HyperPETE Lung Cancer Fusion Panel评估FASTASeq 300测序仪在融合检出中的体现。测试效果下机数据质量高，Raw data Q30>94%；捕捉效率>93%，仅需0.6G raw data（FASTASeq 300单ci上机可完成12个样本测试），即可将panel设计中笼罩了任一partner的变异检出。而且两轮平行测试展示了FASTASeq300测序仪的台间差小，体现稳固。

注：粗体字为panel设计笼罩的基因，非粗体不笼罩。*为panel设计不笼罩gai融合位点相关基因。

实验设计：以10ng 尺度品Seraseq FFPE Fusion RNA作为投入，使用KAPA RNA HyperPrep Kit举行建库，HyperPETE Lung cancer fusion panel举行杂交。杂交终文库，在NovaSeq 6000和两台FASTASeq 300系列高通量基因测序仪上举行测序。剖析参照罗氏白皮书——“SPR -White Paper- KAPA TE data evaluation for somatic mutations”。

本ci测评使用罗氏诊断建库试剂盒和靶向富集panel，完成了包罗gDNA、FFPE DNA、cfDNA以及FFPE RNA样本的测序，笼罩了遗传病和肿瘤NGS检测的差异应用chang景。测评效果显示，壹定发生物测序平台的性能体现已到达主流水平，适用的文库类型和应用chang景多样。

在高速生长的精准医疗时代历程中，壹定发生物将起劲携手罗氏诊断与其他相助同伴，汇聚优异科技实力，推动NGS手艺创新生长，赋能精准医疗新未来。