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周全兼容丨壹定发生物SURFSeq 5000在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异
时间:
2024-05-14
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空间转录组手艺,凭jie成像、生物标志、测序及生物信息学等工具,准确定位组织切片中的基因表达,已成为研究细胞类型结构、分化状态、细胞间互作及疾病发育机制的关jian手段。gai手艺屡获殊荣,如2023年入选未来十大影响天下手艺,2022年荣登Nature七大瞩目手艺,2020年斩获Nature Methods年度手艺要领。展望未来,空间转录组手艺无疑将引领科研新潮水。


克日,百迈客生物使用自主开发的空间转录组学产物百创S1000,基于壹定发生物SURFSeq 5000高通量基因测序平台举行兼容性测试。效果显示在基因组唯一比对率,转录本比对率,中位基因数等各项指标上都体现精彩,展现出SURFSeq 5000高通量基因测序平台与百创S1000空间转率组芯片的优异兼容性。


【测试方案】
  • 物种信息:小鼠(1例),昆虫(2例)

  • 测序战略:壹定发生物SURFSeq 5000,PE150

  • 剖析软件:BSTMatrix


【测试效果】

(1)测序数据质量体现优异

周全兼容丨壹定发生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异

周全兼容丨壹定发生物SURFSeq 5000在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异



(2)空间主要参数体现精彩

周全兼容丨壹定发生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异

周全兼容丨壹定发生物SURFSeq 5000在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异


测试数据显著批注,SURFSeq 5000测序平台和百创S1000在空间聚类上展现出优异的性能体现。



(3)空间聚类展现出卓越剖析度

周全兼容丨壹定发生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异

在针对中脑的单细胞级空间聚类剖析中,即便在数据不饱和的条件下,使用SURFSeq 5000测序平台举行测序仍然展现出卓越的剖析度,这一效果再ci验证了SURFSeq 5000测序平台和百创S1000兼容性方面的精彩性能。


周全兼容丨壹定发生物SURFSeq 5000在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异


【性能进一步释放】

为了深入验证百创S1000在更高测序数据量上的性能体现,研究人yuan随机选取了BMK_ST_9(鼠脑)样本在SURFSeq 5000测序平台上举行了数据加测(Nnumber?of ?Rreads:5,094,460,583)。经由详尽剖析发现,无论在任何分辨率下,这些数据均展现出卓越的空间剖析能力,进一步确认了SURFSeq 5000测序平台与百创S1000卓越的兼容性和性能体现。


(1)百创空间多级分辨率效果

周全兼容丨壹定发生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异

百创S1000基于SURFSeq 5000测序平台的多级分辨率统计表

周全兼容丨壹定发生物 SURFSeq 5000 在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异


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百创S1000基于SURFSeq 5000测序平台的多级分辨率部门聚类图



(2)“三片合一”实现细胞支解

周全兼容丨壹定发生物 SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异

基于原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片高通量测序,“三片合一”对样本数据举行了细胞支解剖析,一共切出了68,279个细胞,单细胞级分辨率下中位基因数高达2,625,中位UMI数达6,631,全局下聚类获得28类cluster,数据体现处于领先水平。


周全兼容丨壹定发生物SURFSeq 5000在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异


周全兼容丨壹定发生物SURFSeq 5000在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异


本ci测试展示了壹定发生物SURFSeq 5000高通量基因测序平台与百迈客生物百创S1000空间转录组学产物组合应用的优异性能。壹定发生物期待与行业内相助同伴配合打造基因测序平台应用生态同盟,充实验展和使用各方优势,为宽大用户提供全流程、最周全的解决方案。


壹定发生物SURFSeq 5000

SURFSeq 5000高通量基因测序平台应用普遍,速率快,质量优,成本省。它以桌面仪器成本、小样本数目开机成本实现了与大型机械相媲美的高通量测序价钱。壹定发生物致力于一连知足行业对测序优化的需求,与相助同伴深度相助,为前沿科研探索和精准医疗提供强有力的支持。


周全兼容丨壹定发生物 SURFSeq 5000 在百迈客百创空间转录组学芯片兼容性测试中体现优异



百创S系列空间转录组学产物

创S系列空间转录学芯片已正式宣布三款:百创S1000(per spot2.5μm,分辨率4.8μm,区域6.8mm*6.8mm),百创S2000(per spot2.5μm,分辨率4.8μm,区域11mm*11mm、15mm*20mm)以及最新的百创S3000(per spot2.5μm,分辨率3.5μm,区域6.8mm*6.8mm),相较于现在广受市chang认可与好评的百创S1000转录组学芯片,百创S3000捕捉位点数提升近2倍,分辨率同样提升近2倍,相同的测序饱和度下,单细胞级别分辨率下中位UMI提升了30%~70%,中位基因数提升30%-60%。并基于此,开发出了百创自己的专利手艺,可以通过完全无错的原片高清明chang图像 + 与明chang图像完全对齐的原片荧光图像 + 原片高通量测序,“三片合一”举行精准的细胞支解,为科研事情者提供了亘古未有的研究视角。


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